1913年3月20日晚10点45分，奉袁世凯电召北上的宋教仁在上 海北站检票口突遭枪击，22日凌晨不治身亡。接下来案件的破获，竟出乎意料地顺利。
    3月23日，古董字画商王阿发到英租界捕房报称：一周前因卖字画曾去应夔丞（即应桂馨）家，应拿出一张照片，要他谋办照片上的人，愿出酬金1000元，他未允。宋被刺后，王阿发见各报刊所登宋的照片与应给他看的照片相同，特来报告。
    公共租界巡捕房根据密报，在一妓院中将应夔丞抓获，并立即应家搜查。在应家发现有一人神色慌张，遂带回审讯，这位自称叫张福铭的人最终供出真名为武士英，而他正是杀害宋教仁的真凶。
    武士英早年曾投奔革命党，升为下级军官，以后又脱离军旅，到了上海，结识了当地会党头目应夔丞。应夔丞是上海滩大名鼎鼎的角色。他有两个头衔，一是中华民国共进会会长，一是江苏驻沪巡查长。他原是策动武昌起义的共进会的一个干部，是武汉军政府中的“三武”张振武的党羽。张振武后来与黎元洪争权，被黎骗往北京，并乞袁世凯代为杀之。正在拉拢黎元洪的袁世凯迅速将张振武枪杀。
    张振武一死，黎元洪便完全投向袁世凯，而原先捧他上台做开国元勋的革命党，尤其是共进会，便成了他的对立面。共进会的应夔丞也因反黎而被黎所通缉，从武汉逃回上海。在同盟会扩大为国民党之后，应夔丞与陈其美、宋教仁、黄兴、于右任等都很熟识。国民党在上海为宋教仁操办丧事时，应夔丞也进进出出，做热心帮忙状。等到应东窗事发，陈其美等都大为惊异：杀宋的凶手竟是国民党自己的同志。
    应夔丞被捕后，法捕房总巡率人至应宅进行数次搜查，起获了大量公文，才发现应的背后指使人，竟然出自北京国务院内务部的秘书洪述祖，而洪又受命于国务总理赵秉钧。
    在袁世凯与孙中山暗中角力时，袁世凯的党羽想在革命党内搞个反间组织，应夔丞成了他们的人选。应某也顺势倒入袁党，成为袁世凯在国民党中的“卧底”。应夔丞在北京的顶头上司便是洪述祖，由赵秉钧直接指挥。自此，由洪述祖经手，应夔丞每月从国务院秘密领取2000元的活动经费。
    当宋教仁抨击袁士凯政府的言辞越来越激烈时，袁手下的这群党羽也越来越坐立不安。应夔丞与洪述祖密约，由应物色杀手并具体指挥刺杀宋教仁。应夔丞见武士英精于枪击，且贪财胆大，遂与之商议刺宋一事。两人一拍即合。
    真相大白于天下，幕后黑手竟然是袁世凯身边的亲信，这使袁世凯一下子置于千夫所指之境地。问题是，赵秉钧是否直接向手下下达过刺杀宋的命令，以此为袁世凯排除隐患之忧？而袁世凯对这一切是否知情？
    据章士钊后来回忆，当宋教仁遇刺的电报传到时，他正在总统府与袁世凯一起用餐。袁闻讯后的反应是叹息说，“遯初（宋教仁的字）可惜，早知如此，何必当初？”随后闲谈中，袁世凯意指宋案的凶手是黄兴，理由是“黄、宋争国务总理，两派大决裂为证”，章士钊闻之不满，愤然辞出。
    宋教仁遇刺消息传来时，赵秉钧正在主持内阁例会，“闻听消息，大惊失色，一边绕桌子不停转圈一边自言自语：‘人若说我打死宋教仁，岂不是我卖友，哪能算人？’”赵秉钧的反应是一种表演，还是真的意外？
    宋教仁遇刺后自知不久于人世，还授意黄兴拟了一份电文上书袁世凯作最后诤谏，一直到死，他都没有怀疑过袁世凯。