袁世凯深深感到了宋教仁和国民党对他的威胁，先是试图拉拢宋教仁，还在陆徵祥辞去内阁总理时，就曾请宋担任内阁总理，条件是放弃政党内阁的主张，被坚决拒绝；继而用金钱贿赂，也未成功。民国元年１０月１８日，宋教仁南下省亲。沿途，他广泛宣传自己的政治主张，表明与专制独裁势不两立的态度。此时，各地选举越来越有利于国民党，最终获胜似成定局，对宋教仁当选内阁总理的呼声也很高。袁世凯一伙更加紧张，不仅在报刊上恶意攻击，而且阴谋以暗杀手段除去政敌。民国2年3月上旬，宋刚抵上海，便接到袁世凯发出的“即日赴京，商决要政”的急电。３月２０日晚１０时，宋拟由沪乘火车去北京。宋与送行的黄兴、于右任、廖仲恺等人一一握别，正要上火车，被袁世凯所派刺客开枪射中，２２日凌晨，宋与世长辞，年仅３１岁。在死前，他还对袁世凯抱有幻想，对身边的人说要提醒袁世凯“以共和为重”。他托黄兴给袁世凯发去一封电报：“北京袁大总统鉴：仁本夜乘沪宁车赴京，敬谒钧座。十时四十五分，在车站突被奸人自背后施枪，弹由腰上部入腹下部，势必至死。窃思仁自受教以来，即束身自爱，虽寡过之未获，从未结怨于私人。清政不良，起任改革，亦重人道，守公理，不敢有一毫权利之见存。今国基未固，民富不增，遽尔撒手，死有余恨。伏冀大总统开诚心，布公道，竭力保障民权，俾国家得确定不拔之宪法，则虽死之日，犹生之年。临死哀言，尚祈鉴纳。宋教仁。”孙中山挽联称宋教仁：“作公民保障，谁非后死者；为宪法流血，公真第一人”。