宋教仁往来于镇江、上海，督促速攻南京。１２月２日，古城南京终于宣告光复。７日，组成新的江苏都督府，宋教仁担任政务厅长。此时，已有十余省宣布独立，站到革命阵营，组织临时中央政府已属急务。宋教仁也急欲以此抵制黎元洪，但其正确主张不被理解，屡受挫折。在实行总统制和责任内阁制问题上与孙中山也发生分歧，孙中山主张总统制，宋教仁主张内阁制。民国元年（１９１２）元旦，南京临时政府成立，孙中山为临时大总统，宋教仁仅被任命为法制院院长。许多人为宋教仁未担任内务总长而抱屈，他却说：“总长不总长，无关宏旨，我素主张内阁制，且主张政党内阁，如今七拼八凑，一个总长不做也罢。共和肇造，非我党负起责任，大刀阔斧，鼎故革新，不足以言政治。旧官僚模棱两可，畏首畏尾，哪里可与言革命、讲共和？”宋教仁很重视立法工作，很快就起草了一部宪法草案《中华民国临时政府组织法》，仍然主张内阁制，并被孙中山所接受。以后出台的《临时约法》，就是以宋教仁的《鄂州约法》和该宪法草案为蓝本的。

孙中山让位给袁世凯后，宋教仁于４月２７日就任唐绍仪内阁的农林总长。他的兴趣在政治，立即开始实施他的政党政治理想。他让仇鳌等人创办《亚东新报》，“监督政府，指导国民，巩固共和政体，注重民国主义”并以“桃源渔父”的笔名，在报上发表长篇论文。７月上旬，宋教仁因不满袁世凯破坏《中华民国临时约法》的行为，辞去农林总长职务。７月２１日，同盟会本部召开夏季大会，宋教仁当选为总务部主任干事，成为同盟会实际上的主持人。他加快了组织大党的步伐。８月２５日，以同盟会为核心、联合国民公党、国民共进会、共和实进派等党派，组成中国国民党，召开成立大会。孙中山选为理事长，宋教仁以仅次于孙中山和黄兴的票数当选为理事，被孙中山委任为代理理事长。此时，孙、黄的兴趣和主要精力放在实务建设上，主持北京国民党本部的是宋教仁。是年底，国会议员选举拉开序幕。至次年３月，国民党获压倒多数席位。